技术原理

• f-NGS（Full-length signature sequence NGS）即表征序列全长高通量测序技术，为一种无偏倚的病原微生物靶向宏基因组高通量测序技术，为西安中科茵康莱医学检验有限公司自研、独创的技术。
• f-NGS技术基于病原微生物特征序列，联合宏基因组PCR技术（mPCR）及NGS技术对感染性样本中的微生物基因组特征性核酸序列进行大规模测序，将测序结果与自建微生物基因组数据库比对并进行生物信息学和人工智能数据分析，快速鉴定感染样本中的致病菌及其他病原微生物的种类，为各类感染患者提供精准的“一站式”病原学诊断依据。该技术首次解决了运用二代测序技术对混合的高相似度长序列进行分离识别的技术难题，实现了基于基因组特征序列的微生物物种/株系的精准鉴定，突破了传统检测方法的局限性。
• 技术原理示意图

一、样本准备	二、文库构建	三、上机测序	四、数据分析

一、样本准备
二、文库构建
三、上机测序
四、数据分析

• 技术优势
• ——更灵敏，更准确，更有效

不受人源核酸干扰，大大提高物种鉴定精准度和检测灵敏度，这是f-NGS技术与mNGS技术的最大区别。

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能够100%覆盖微生物基因组特征性核酸序列，达到20~1000X的极高测序深度，保证所检出基因组序列的准确性，性能显著优于mNGS。

基于精密的数学模型、机器学习及高性能计算，结合自建微生物数据库，可实现准确的物种鉴定。

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▶	f-NGS技术因其物种特征序列的100%覆盖，使得样本中的痕量病原体也能够被稳定地检测出来，实现感染早期的病原学诊断。当前，f-NGS技术对原核及真核微生物的检测下限为10 CFU/样本；对病毒的检测下限为50 copies/样本

1)不受人源核酸干扰，大大提高物种鉴定精准度和检测灵敏度，这是f-NGS技术与mNGS技术的最大区别。

2)能够100%覆盖微生物基因组特征性核酸序列，达到20~1000X的极高测序深度，保证所检出基因组序列的准确性，性能显著优于mNGS。

3)基于精密的数学模型、机器学习及高性能计算，结合自建微生物数据库，可实现准确的物种鉴定。

4)f-NGS技术因其物种特征序列的100%覆盖，使得样本中的痕量病原体也能够被稳定地检测出来，实现感染早期的病原学诊断。当前，f-NGS技术对原核及真核微生物的检测下限为10 CFU/样本；对病毒的检测下限为50 copies/样本

鉴微®产品系列

项目简介

• MicrobDx®鉴微®Foundation产品采用我司自主研发的泛病原微生物核酸检测全新技术——表征序列全长高通量测序技术f-NGS（Full-length signature sequence NGS），即运用第二代测序技术（NGS）对临床感染性样本中的原核及真核微生物的表征核酸序列进行测序与精准鉴定，从而实现样本感染病原学的快速“一站式”检测，为非病毒性感染疾病诊断提供全面、快速、客观、准确的病原学分子依据，助力临床精准治疗。该产品具有无培养、无偏倚、高灵敏、广覆盖、检测效率高等特点。
非病毒类 DNA

产品名称	检测内容	样本类型
MicrobDx®鉴微®Foundation靶向宏基因组高通量测序	检测原核及真核病原微生物，检测范围涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种。	血液、体液、尿液、灌洗液、分泌物等

病毒系列 (DNA + RNA)

产品名称	检测内容	样本类型
MicrobDx®鉴微®Resp-virus呼吸系统病毒靶向宏基因组高通量测序	检测感染呼吸系统的相关病毒，共13个科， 114个腐，1143种。	肺泡灌洗液、痰液、胸水、鼻咽拭子、血液等
MicrobDx®鉴微®Neuro-virus神经系统病毒靶向宏基因组高通量测序	检测感染神经系统的相关病毒，共15个科，114个属，717种。	脑脊液、切口分泌物、血液等
MicrobDx®鉴微®CVS-virus心血管系统相关统病毒靶向宏基因组高通量测序	常见感染心血管系统的相关病毒，共10个科， 103个属，906种。	心包液、血液等
MicrobDx®鉴微®UroGen-virus泌尿生殖系统病毒靶向宏基因组高通量测序	常见感染泌尿生殖系统的相关病毒，共8个科，81个属，562种。	尿液、泌尿生殖道分泌物或拭子
MicrobDx®鉴微®Derm-virus皮肤系统病毒靶向宏基因组高通量测序	常见感染皮肤系统的相关病毒，共10个科， 124个属，664种。	皮肤拭子
MicrobDx®鉴微®Perinatal-virus围生期感染病毒靶向宏基因组高通量测序	围生期常见感染病毒，共7个科，59个属， 215种。	泌尿生殖道分泌物或拭子
MicrobDx®鉴微®GI-virus消化系统相关病毒靶向宏基因组高通量测序	常见感染消化系统的病毒，共15个科，93个属，693种。	胃液、胆汁、引流液、血液等
MicrobDx®鉴微®Hema-virus血液系统相关 病毒靶向宏基因组高通堡测序	常见感染造血系统的病毒，共6个科，63个属，381种。	血液、骨髓等
MicrobDx®鉴微®HF-virus出血热相关病毒靶向宏基因组嵩通量测序	引发出血热的相关病毒，共15个科，41个属，466种。	血液等
MicrobDx®鉴微®Ophth-virus眼科相关病毒靶向宏基因组高通量测序	常见感染眼部的相关病毒，8个科，57个属，339种。	角膜刮取物、泪襞液、房水、玻璃体液等
MicrobDx®鉴微®Pedia-virus儿科常见病毒靶向宏基因组高通量测序	包含儿科常见病毒如呼吸道、肠道相关 病毒。	鼻咽拭子、痰液、肛周拭子、血液等
MicrobDx®鉴微®Pan-virus泛病毒靶向宏基因组高通量测序	涵盖感染人类的相关病毒，共33个科， 228个属，2418种。	血液、脑脊液、体液、尿液、BALF、分泌物等

全谱系列 (DNA + RNA)

产品名称	检测内容	样本类型
MicrobDx®鉴微®Resp-advanced呼吸道病原 微生物靶向宏基因组高通量测序	本项目为双流程检测。流程一涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种；流程二涵盖感染呼吸系统的相关病毒 共13科，114个属，1143种。	肺泡灌洗液、痰液、胸水、鼻咽拭子、血液等
MicrobDx®鉴微®Neuro-advanced神经系统病原微生物靶向宏基因组高通量测序	本项目为双流程检测。流程—涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种；流程二涵篮神经呼吸系统的相关病毒 共15个科，114个属，717种。	脑脊液、切口分泌物、血液等
MicrobDx®鉴微®CVS-advanced心血管系统病原微生物靶向宏基因组高通量测序	本项目为双流程检测。 流程—涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种；流程二涵盖常见感染心血管系统的相关病毒，共10个科，103个属，906种．	心包液、血液等
MicrobDx®鉴微®UroGen-advanced泌尿生殖 道病原微生物靶向宏基因组高通量测序	本项目为双流程检测。 流程—涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种；流程二涵盖常见感染泌尿生殖系统的相关病毒，共8个科，81个属，562种。	尿液、泌尿生殖道分泌物或拭子
MicrobDx®鉴微®Derm-advanced皮肤病原 微生物靶向宏基因组高通量测序	本项目为双流程检测。 流程一涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种；流程二涵盖常见感染皮肤系统的柜关病 毒，共10个科，124个属，664种。	皮肤拭子
MicrobDx®鉴微®Perinatal-advanced围生期感染病原微生物靶向宏基因组高通量测序	本项目为双流程检测。 流程—涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种；流程二涵盖围生期常见感染病毒，共7个科，59个属，215种。	泌尿生殖道分泌物或拭子
MicrobDx®鉴微®GI-advanced消化病原微生物靶向宏基因组高通量测序	常见感染消化系统的病毒，共15个科，93个属，693种。	胃液、胆汁、引流液、血液等
MicrobDx®鉴微®Hema-advanced血液系统病原微生物靶向宏基因组高通量测序	本项目为双流程检测。 流程一检测涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种；流程二涵盖常见感染造血系统的相关病毒，共6个科，63个属，381种。	血液、骨髓等
MicrobDx®鉴微®Ophth-advanced眼科病原微生物靶向宏基因组高通量测序	本项目为双流程检测。流程一检测涵盖细菌真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体.衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种;流程二涵盖常见感染眼部的相关病毒，共8个科，57个属，339种。	角膜刮取物、泪襞液、房水、玻璃体液等
MicrobDx®鉴微®Pedia-advanced儿科病原 微生物靶向宏基因组高通量测序	本项目为双流程检测。流程一涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种;流程二涵盖常见感染儿童的相关病毒。	鼻咽拭子、痰液、肛周拭子、血液等
MicrobDx®鉴微®Complete全谱病原微生物 靶向宏基因组高通量测序	本项目为双流程检测。流程一涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫，共2.2万种;流程二涵盖感染人类的相关病毒，共33个科，228个属，2418种。	血液、脑脊液、体液、尿液、BALF、分泌物等

MicrobDx®鉴微®Foundation

项目简介

• MicrobDx®鉴微®Foundation产品采用我司自主研发的泛病原微生物核酸检测全新技术——表征序列全长高通量测序技术f-NGS（Full-length signature sequence NGS），即运用第二代测序技术（NGS）对临床感染性样本中的原核及真核微生物的表征核酸序列进行测序与精准鉴定，从而实现样本感染病原学的快速“一站式”检测，为非病毒性感染疾病诊断提供全面、快速、客观、准确的病原学分子依据，助力临床精准治疗。该产品具有无培养、无偏倚、高灵敏、广覆盖、检测效率高等特点。

检测性能

★ 基于独家原创技术f-NGS，可快速、准确实现病原微生物物种精准鉴定
• f-NGS（Full-length signature sequence NGS）是一种用于临床病原微生物精准诊断的新方法，是直接对感染性样本中的微生物基因组特征性核酸序列进行大规模测序，将测序结果与自建微生物基因组数据库比对并进行生物信息学和人工智能数据分析，可快速鉴定感染样本中的致病菌及其他病原微生物的种类，为身受不明病原菌感染的患者提供精准的病原学诊断依据。
★ 检测范围广泛
• 囊括了目前已知的绝大部分原核及真核病原微生物，100%覆盖临床常见病原体，包含了难检测、少见或罕见病原体；涵盖细菌、真菌、分枝杆菌、古菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体和寄生虫，达22359种。

★ 极高检测灵敏度
• 基于f-NGS技术的MicrobDx®鉴微®Foundation能够100%覆盖物种特征序列，并达到很高的测序深度，所以能够稳定检测出感染性样本中的痕量病原体。当前，MicrobDx®鉴微®Foundation的检测下限（LOD）为10 CFU/样本。

★ 极高阳性检出率
• 与权威大型三甲医院合作开展的临床研究发现，MicrobDx®鉴微®Foundation与培养鉴定方法进行对比，其样本阳性率（519/596，87%）显著高于培养鉴定（222/596，37%）。

★ 可显著提高复合感染检测能力
• 诊断复合感染需要有效的多病原体检测能力，MicrobDx®鉴微®Foundation与培养鉴定方法相比展示了较强的复合感染检测能力（每个样本平均检出3.66个物种）；而培养鉴定方法敏感度较低，多物种检测能力较弱（每个样本平均检出1.22个物种）。


临床价值



适应症

样本送检要求

标本类型	采样量	存储容器	存储条件	运输条件	注意事项
脑脊液	1~3mL	无菌封闭容器	2~8℃暂存，禁止冻融	1）标本全程2~8℃低温运输； 2）标本全程不可与冰袋直接接触； 3）血液标本需8h内送达实验室，其余标本24h内送达实验室	为防止污染，建议送检第二管以后得脑脊液。
痰液					先漱口2~3次，再深部咳嗽/经人工吸痰/诱导痰等。
尿液	3~5mL				采集清洁中段尿。
胸水					不推荐送检引流袋内液体。
腹水					不推荐送检引流袋内液体。
肺泡灌洗液					为减少定植菌感染，推荐收集第二管进行送检。
心包液					无
关节液					留取关节液时建议先弃去最开始的2~3滴。
羊水					无
胆汁					无
房水	100uL/单眼				无
玻璃体液	200-500/单眼uL				无
角膜刮取物	适量				用无菌刮片采集完角膜刮取物后，可直接将刮片置于无菌封闭容器中。
脓液	封闭性脓液：0.5~2mL 开放性脓液：≥2根拭子				开放性脓液需清创后，用拭子采集深部伤口或溃疡底部分泌物。
组织	新鲜组织：3*3*3mm³ 穿刺组织：2~3条，1cm/条				新鲜组织采集后不可添加福尔马林；若为较小穿刺组织，建议添加无菌盐酸水浸润组织。
鼻咽拭子	≥2根				无
粪便拭子					可用棉拭子在粪便内侧无污染处轻轻旋转，将带有粪便标本的棉拭子保存在无菌采样管内。
肛肠拭子					无
生殖道分泌物拭子					无
血液	5ml	无菌EDTA抗凝管			采血后立即上下轻柔颠倒5~8次，确保抗凝剂与血液充分混匀。

呼吸道病原体检测

• 呼吸系统感染性疾病主要包括上呼吸道感染、气管-支气管炎、肺炎、肺脓肿、肺结核等。患者常有咳嗽、流涕、咳痰、咯血或呼吸困难等症状。导致呼吸道感染的病原体复杂多样，既有单一病原体感染，也有混合感染。呼吸系统感染病原类型主要有：细菌、病毒、支原体等。及早明确病原体，并针对性治疗是改善呼吸系统感染性疾病预后的前提。茵康莱医检所针对呼吸系统感染病原体类型，以患者为中心，提供基于实时荧光定量PCR仪的单物种及多物种的检测项目，以满足临床不同诊疗需求。


▶ 检测方法： 实时荧光定量PCR
▶ 适用样本类型：鼻咽拭子、肺泡灌洗液、痰液等
▶ 具体项目列表：


六项呼吸道病原体检测	新型冠状病毒核酸检测
甲、乙型流感病毒核酸联合检测	分枝杆菌菌种鉴定
结核分枝杆菌复合群核酸检测	肺炎支原体(MP)核酸检测
肺炎衣原体核酸检测	嗜肺军团菌(LP)核酸检测
百日咳杆菌核酸检测	肺炎伯雷克菌核酸检测
呼吸道合胞病毒(RSV)核酸检测	腺病毒核酸检测
风疹病毒核酸测定

▶ 检测方法： 实时荧光定量PCR
▶ 适用样本类型：鼻咽拭子、肺泡灌洗液、痰液等
▶ 具体项目列表：


六项呼吸道病原体检测	新型冠状病毒核酸检测
甲、乙型流感病毒核酸联合检测	分枝杆菌菌种鉴定
结核分枝杆菌复合群核酸检测	肺炎支原体(MP)核酸检测
肺炎衣原体核酸检测	嗜肺军团菌(LP)核酸检测
百日咳杆菌核酸检测	肺炎伯雷克菌核酸检测
呼吸道合胞病毒(RSV)核酸检测	腺病毒核酸检测
风疹病毒核酸测定

肝炎病毒检测

• 肝炎是一种肝脏炎症，可导致一系列健康问题，并可能致命。病毒感染是导致肝炎的最主要的致病因素，乙型肝炎病毒（HBV）和丙型肝炎病毒（HCV）是最主要的感染源。据统计，全球有3.25亿人患有乙型和/或丙型肝炎。病毒性肝炎的诊断、治疗及疗效评估离不开病原体的精准鉴定及定量检测。茵康莱医检所可提供基于实时荧光定量PCR技术的HBV及HCV核酸检测、病毒分型及高敏定量检测服务。


▶ 检测方法： 实时荧光定量PCR
▶ 适用样本类型：血清、血浆
▶ 具体项目列表：


乙型肝炎病毒（HBV）基因分型检测	丙型肝炎病毒（HCV）基因分型检测
乙型肝炎病毒（HBV）核酸定量检测	丙型肝炎病毒（HCV）基因定量检测
高灵敏度丙型肝炎病毒（HCV）基因分型检测	高灵敏度乙型肝炎病毒（HBV）核酸定量检测

▶ 检测方法： 实时荧光定量PCR
▶ 适用样本类型：血清、血浆
▶ 具体项目列表：


乙型肝炎病毒（HBV）基因分型检测	丙型肝炎病毒（HCV）基因分型检测
乙型肝炎病毒（HBV）核酸定量检测	丙型肝炎病毒（HCV）基因定量检测
高灵敏度丙型肝炎病毒（HCV）基因分型检测	高灵敏度乙型肝炎病毒（HBV）核酸定量检测

胃肠道病原体检测

• 冷空气、不良生活习惯、不洁饮食等可诱发胃肠感染，导致患者出现腹部不适、疼痛等症状；肠炎患者常伴有腹泻，严重时还可出现发热、呕血、便血、脱水、休克等症状。胃肠感染主要由病毒和细菌感染引起。常见相关疾病有：诺如病毒或轮状病毒导致的可播散的病毒性肠炎、细菌导致的急性腹泻等。早期、快速、精准识别感染病原体是胃肠道感染性疾病有效治疗和改善预后的前提。茵康莱医检所可提供基于实时荧光定量PCR技术的相关病原体核酸检测，为常见胃肠道感染病原学诊断提供更为精准的分子检测依据。


▶ 检测方法： 实时荧光定量PCR
▶ 适用样本类型：血清、血浆
▶ 具体项目列表：


肠道通用型核酸检测	肠道病毒71型（Ev71）核酸检测
柯萨奇病毒16型（CA16）核酸测定	柯萨奇病毒A6/10型（CA6/CA10）核酸测定
诺如病毒核酸测定	幽门螺旋杆菌核酸检测

▶ 检测方法： 实时荧光定量PCR
▶ 适用样本类型：血清、血浆
▶ 具体项目列表：


肠道通用型核酸检测	肠道病毒71型（Ev71）核酸检测
柯萨奇病毒16型（CA16）核酸测定	柯萨奇病毒A6/10型（CA6/CA10）核酸测定
诺如病毒核酸测定	幽门螺旋杆菌核酸检测

生殖道病原体检测

• 生殖道感染可引起多种健康问题，如尿道炎、宫颈炎、不孕不育、异位妊娠等，对女性、家庭、社会造成了很大的危害。临床最常见的生殖道感染病原体包括淋球菌（NG）、解脲支原体（UU）、沙眼衣原体（CT）、人乳头瘤病毒（HPV）、白色念珠菌等。传统培养法或抗原抗体检测方法灵敏度低，易漏检或误诊，难以满足临床诊断需求。基于PCR技术的核酸检测方法因其敏感度和特异度均较高，已被国内外权威机构、指南及专家共识推荐为首选检测方法。


▶ 检测方法： 实时荧光定量PCR
▶ 适用样本类型：尿道、生殖道分泌物、疱疹液
▶ 具体项目列表：


沙眼衣原体（CT）核酸检测	淋球菌（NG）核酸检测
解脲衣原体（UU）核酸检测	单纯疱疹病毒Ⅰ、Ⅱ分型核酸检测
人乳头瘤病毒（HPV）6型、11型核酸检测	人型支原体（MH）核酸测定
生殖支原体（MG）核酸检测	白色念珠菌核酸检测

▶ 检测方法： 实时荧光定量PCR
▶ 适用样本类型：尿道、生殖道分泌物、疱疹液
▶ 具体项目列表：


沙眼衣原体（CT）核酸检测	淋球菌（NG）核酸检测
解脲衣原体（UU）核酸检测	单纯疱疹病毒Ⅰ、Ⅱ分型核酸检测
人乳头瘤病毒（HPV）6型、11型核酸检测	人型支原体（MH）核酸测定
生殖支原体（MG）核酸检测	白色念珠菌核酸检测

器官移植易感病原体系列

• 器官移植后感染是影响移植受着存活率的主要原因之一。移植后一个月感染的主要致病源为EBV病毒、巨细胞病毒（CMV）、JC病毒、BK病毒等。茵康莱医检所可提供基于实时荧光定量PCR技术的相关病原体核酸检测，为移植后感染病原学诊断提供更为精准的分子检测依据。


▶ 检测方法： 实时荧光定量PCR
▶ 适用样本类型：血清、血浆、尿液
▶ 具体项目列表：


巨细胞病毒（CMV）核酸定量检测	鼻咽癌病毒（EBV）核酸检测
BK病毒核酸检测	JC病毒核酸检测

▶ 检测方法： 实时荧光定量PCR
▶ 适用样本类型：血清、血浆、尿液
▶ 具体项目列表：


巨细胞病毒（CMV）核酸定量检测	鼻咽癌病毒（EBV）核酸检测
BK病毒核酸检测	JC病毒核酸检测

优生优育与妇幼健康

• 我国是世界上出生缺陷高发的国家之一。国家卫健委发布的《中国出生缺陷防治报告》显示，目前我国出生缺陷发生率在5.6%左右，每年约为90万例，其中出生时临床可见的出生缺陷约有25万例，先天性心脏病、多指（趾）、唇裂伴或不伴腭裂、神经管畸形等发生率位列前茅。
• 茵康莱医检所优生优育与妇幼健康产品线依托先进的基因检测分析技术，协助和支持医疗机构构建严密的出生缺陷三级防控体系。

完整的优生优育诊疗思路

孕前		产前	新生儿及儿童
叶酸代谢能力基因检测	人乳头瘤病毒（HPV）E6/E7mRNA检测	胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13)无创产前基因检测	遗传性耳聋基因检测
遗传性耳聋基因检测	单纯疹病毒 III分型核酸测定	胎儿染色体缺失/微重复无创产亲基因检测	染色体异常基因检测
染色体异常基因检测	解脲支原体(UU) 核酸检测	流产组织染色体异常基因检测	脊髓性肌萎缩症（SMA）基因测定
Y染色体缺失检测	人型支原体(MH) 核酸检测	叶酸代谢能力检测	杜氏/贝氏肌营养不良症（DMD/BMD）基因检测
PAI-1基因检测	生殖支原体(MG) 核酸检测	B族链球菌核酸检测	新生儿遗传代谢病串联质谱检测
脊髓性肌萎缩症（SMA）基因测定	沙眼衣原体(CT) 核酸检测		儿童安全用药基因检测
高危型人乳头瘤病毒（HPV)核酸分型测定	淋球菌(NG)核酸检测
人乳头瘤病毒（HPV)核酸分型检测

临床解决方案


遗传性耳聋基因检测

脊髓性肌萎缩症（SMA）基因测定

遗传性耳聋基因检测

脊髓性肌萎缩症（SMA）基因测定

心脑血管疾病

• 个体化用药基因检测是利用分子生物学知识对不同患者个体的药物相关基因进行解读，预判药物对个体的疗效和毒副作用。临床医生根据患者的基因型资料，订制化地对患者合理用药，实现“基因型导向”的个体化治疗，提高药物疗效，降低毒副反应风险，减轻病人痛苦和经济负担。

心脑血管、代谢、神经系统疾病个体化用药基因检测

• 

临床解决方案


高血压用药指导基因检测

氯吡格雷用药指导基因检测

高血压用药指导基因检测

氯吡格雷用药指导基因检测

肿瘤个体化治疗用药指导

• 靶向药物能够特异性地阻断肿瘤相关分子信号传导，从而抑制肿瘤生长。靶向药物具有很高的选择性，其疗效与药靶基因的突变状态直接相关。因此，在临床应用靶向药物前，肿瘤患者需要接受个体化治疗分子诊断，了解肿瘤基因的分子类型，选择适合患者的特定种类的靶向药物或免疫药物，从而获得最佳疗效，避免错失治疗时机。

肿瘤基因检测项目

癌种	检测项目	检测方法	临床意义
肺癌	肺癌13基因突变检测	高通量测序法（NGS）	FDA/NMPA相关已批准上市靶向药物用药指导
结直肠癌	肠癌13基因突变检测	高通量测序法（NGS）	HER2抑制剂耐药；EGFR单抗、BRAF/MEK抑制剂用药获益评估
胆管癌	BRCA1/2基因突变检测	高通量测序法（NGS）	奥拉帕利、他拉唑帕利用药获益评估
乳腺癌	人型支原体(MH) 核酸检测	高通量测序法（NGS）	杜氏/贝氏肌营养不良症（DMD/BMD）基因检测
	乳腺癌21基因表达水平检测	多重荧光PCR法	ER+、HER2-乳腺癌复发风险及化疗获益评估
卵巢癌	BRCA1/2基因突变检测	高通量测序法（NGS）	奥拉帕利、他拉唑帕利用药获益评估
甲状腺癌	BRAF基因突变检测	荧光PCR探针法（qPCR）	达拉非尼，曲美替尼，维莫非尼用药获益评估
	RET融合基因检测	荧光PCR探针法（qPCR）	Selpercatinib、普拉替尼用药获益评估
脑胶质瘤	MGMT基因甲基化检测	荧光PCR探针法（qPCR）	替莫唑胺等化疗药物用药获益评估
	TERT基因启动子突变检测	荧光PCR探针法（qPCR）	对胶质瘤患者病理分型提供指导
	人IDH1基因突变检测	荧光PCR探针法（qPCR）	对胶质瘤患者病理分型提供指导
实体瘤	人类同源重组修复缺陷（HRR-HRD）检测	高通量测序法（NGS）	乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌等实体瘤PARP抑制剂用药获益评估
	肿瘤微卫星不稳定（MSI）检测	高通量测序法（NGS）	评估5-FU药物疗效、免疫治疗疗效、预后；辅助筛查林奇综合征
	NTRK基因融合检测	荧光PCR探针法（qPCR）	拉罗替尼、曲恩替尼用药获益评估
	PD-L1基因表达水平检测	相对PCR定量法	PD-1/PD-L1免疫药物用药获益评估
	实体瘤56基因突变检测	高通量测序法（NGS）	用药获益评估：检测涉及56个驱动基因，涵盖了目前FDA/NMPA已批准上市的多种靶向药物
	实体瘤600基因检测	高通量测序法（NGS）	检测600多基因，覆盖FDA/NMPA已批准上市靶向药物、免疫检查点抑制剂等、PARP抑制剂等用药获益评估
	化疗药物基因组SNP检测	高通量测序法（NGS）	铂类药物、氟尿嘧啶、吉西他滨、紫杉醇等19种化疗药物用药指导
	术后微小残留（MRD）动态监测	高通量测序法（NGS）	检测600多基因，动态监测术后肿瘤残留，评估复发风险：术后检测1次，两年内复检2次ctDNA。

样本送检要求

样本类型	样本量	保存与运输条件
石蜡组织切片	5~10μm厚切片，8~10 张（每张切片中肿瘤细胞含量≥30%，面积≥5mm×5mm，未经染色）	常温（6℃~28℃）保存运输，3天内到达。
石蜡包埋组织	肿瘤细胞含量≥20%，具体数量与规格依据检测项目确定，保证最终可获得足量的切片。
新鲜组织（手术、穿刺、镜下活检样本等）	手术组织≥30 mg（黄豆样大小）；穿刺组织≥2 针（组织直径1~2 mm，长度≥5 mm）
外周血	ctDNA检测：10mL/管（专用采血管），具体数量依据检测项目确定。

疾病的遗传风险评估

• 人一出生就携带来自父母双方的遗传密码，对这些遗传信息进行检测可以预测特定人群患病风险或解释特殊症状，如检测APOE基因状态可预测老年人患痴呆的风险，通过对人全外显子组测序可以解释由某些基因异常所导致的遗传病；因此对特定人群进行基因检测可以提早预测和预防疾病发生风险。如下主要介绍人全外显子组测序（WES）检测项目。
• 人全外显子测序检测

项目背景

• 据科学研究，平均每个正常人携带有2.8个隐性遗传病致病基因。隐性遗传病携带者的基因信息一半正常，一半有缺陷，但表型正常。当携带者父母将有相同致病突变的基因同时遗传给下一代时，下一代可能会患病。
• OMIM数据库（人类孟德尔病数据库）显示，单基因遗传病的病种数量有9000多种，其中约4000多种致病基因和发病机制比较明确，单基因遗传病单个发病率低，但单基因病种类极多，累积起来可达到全球出生人口数的1%，所以总体发病率高，且具有先天性、致死致残性的特点。

全外显子组测序

• 全外显子组测序(Whole Exome Sequencing，WES)，是通过序列捕获技术一次性将人体20,000多个基因的外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的方法，是一种可应用于疾病分子诊断和转化研究的基因组分析手段。
• OMIM数据库（人类孟德尔病数据库）显示，单基因遗传病的病种数量有9000多种，其中约4000多种致病基因和发病机制比较明确，单基因遗传病单个发病率低，但单基因病种类极多，累积起来可达到全球出生人口数的1%，所以总体发病率高，且具有先天性、致死致残性的特点。

• 图1全外显子组测序内容
• 近年来，越来越多的文献表明WES显著提高了单基因遗传病的临床诊断率。相对于靶向测序来说，WES的优势在于：分析的基因更全面，检测的变异类型更多，发现致病性基因变异的机率更高，能明显提升遗传病精准诊断的速度，适用于遗传病的临床诊疗。

WES的临床应用

疾病分类	常见表型
神经系统	肌张力地下、行为异常、不自主运动、抽搐、惊厥、肌肉异常、喂养困难
多发畸形	特殊面容、五官发育畸形、唇腭裂、多指、少指、肘外翻、先天性心脏病等
免疫系统异常	矮小、糖尿病、高胆固醇、低血糖、高血糖、高乳酸血症、甲状腺功能异常、肝脏功能异常、铜蓝蛋白代谢异常、串联质谱遗传代谢病筛查异常
血液问题	原因不明的贫血、溶血或高直接胆红素血症、血小板减少、凝血功能异常等
消化系统问题	进食后呕吐、腹泻、渐进性腹胀，原因不明的肝大和肝功能异常
心肺问题	矮小、糖心脏传导问题、呼吸衰竭、心肌病等
其他问题	生殖器异常、皮肤异常、视听障碍等

推荐人群

1.超声结构异常的胎儿，主要包括但不限于多发畸形、临床诊断的骨骼发育异常、心血管畸形、中枢神经系统畸形(包括中度以上的侧脑室增宽及脑积水)、颜面部畸形、泌尿生殖系统畸形等;
2.传统遗传学检测为阴性的先天性结构异常如与表型相关的单基因遗传病；尤其是孕晚期出现或出生后出现的新增表型；
3.临床上无法确诊的疑难杂症患者；
4.一些高度遗传异质性疾病患者；
5.具有非典型疾病特征的患者；
6.有遗传家族史的高危人群；
7.希望排查反复性流产或死胎发生原因的夫妇；
8.想了解用药安全的人群，特别是曾有过药物不良反应或有药物不良反应家族史的人群；
9.希望了解自身遗传密码，重视健康管理的人群。

检测模式

1、先证者模式：仅对先证者进行全外显子组测序，通过Sanger测序验证其他家庭成员突变情况。
2、核心家系 (Trios) 模式：对先证者与其直系亲属进行全外显子组测序，结合遗传方式分析确认新发突变、复合杂合突变，有效降低假阳性，提高诊断阳性率。

• 图2全外显子测序检测逻辑图

送检要求

样本类型	样本要求	保存	运输
外周血	2 mL EDTA抗凝管保存的全血	2-8℃	冰袋运输
基因组DNA	不少于2μg，置于离心管内	-20℃	冰袋运输
干血片	≥6个直径不少于8mm的干血斑	4℃	自封袋24小时内寄出，冰袋运输
羊水	进食后呕吐、腹泻、渐进性腹胀，原因不明的肝大和肝功能异常	4℃（3天以内）	冰袋运输
	离心后用生理盐水洗涤1-2次，细胞量一般为200-500μl	-80℃（长期保存）

送检流程

检测申请	➤	样本采集	➤	样本运送	➤	接收检测	➤	报告出具

• 参考文献
• 1.Yao R, et al. Evaluation of three read-depth based CNV detection tools using whole-exome sequencing data[J]. Molecular Cytogenetics, 2017, 10(1):30.
  2.Wright CF, et al. Paediatric genomics: diagnosing rare disease in children[J]. Nature reviews. Genetics, 2018 May;19(5):253-268.doi:10.1038/nrg.2017.116. Epub 2018 Feb 5..
  3.郑昭璟,傅启华.全外显子组测序在遗传性疾病分子诊断中的应用[J].国际检验医学杂志,2020,41(7):769-773.DOI:10.3969/j.issn.1673-4130.2020.07.001.
  4.全外显子组测序技术在产前诊断中的应用协作组,娄桂予,侯巧芳,杨科,郭梁洁.全外显子组测序技术在产前诊断中应用的专家共识[J].中华医学遗传学杂志,2022,39(5):457-463.DOI:10.3760/cma.j.cn511374-20210920-00765.
  5. Hu X，et al.Genetics in Medicine，2018,20（9），1045-1053.DOI：10.1038/gim.2017.195

DNA甲基化助力肺癌早筛

肺癌依然是危害人类健康最主要的恶性肿瘤

• 全球肿瘤流行病统计数据（GLOBOCAN）显示，2020年全球新发肺癌病例约220.7万，发生率11.4%，占所有恶性肿瘤的第二位，新增肺癌死亡病例约179.6万，死亡率18.0%，占所有恶性肿瘤的第一位。

• 数据显示，2022年中国新发肺癌病例约87.1万，新增肺癌死亡病例约76.7万，分别占所有恶性肿瘤发病和死亡病例的18.1%和23.9%，肺癌新增和死亡病例均位居我国恶性肿瘤的首位。肺癌死亡率如此之高，主要原因之一是肺癌发现时已处于晚期，早发现早诊治依然是提高癌症患者长期生存率的关键。随着新技术在临床中的不断推广和应用，肺癌筛查已成为早期发现肺癌的有益措施。

肺癌发病原因

• 我国肺癌的发病率以每年约26.9%的速度在逐年上升，主要发病原因如下：


肺癌诊治现状

• 肺癌是预后较差的恶性肿瘤之一。据全球61个国家的预后数据显示，肺癌年龄标化的5年生存率仅有10.0%-20.0%。而且，肺癌5年生存率随着诊断分期的升高而降低，早期肺癌（Ⅰ期肺癌）5年生存率为55.5%，晚期肺癌（Ⅳ期肺癌）5年生存率仅为5.3%%，相差10倍！
• 另外，由于肺癌早期症状不明显，患者就诊晚，往往错过最佳诊断治疗时机。
• 如果能及早发现肺癌患者，那患者生存率将大大提高。因此，肺癌的筛查价值非常大！

传统肺癌早期筛查手段

• 目前肺癌常用筛查方法包括常规影像（如X线胸片）、胸部CT、支气管镜活检、肿瘤标志物、痰液细胞学检查等，但这些方法尚有一定不足：如影像学检查有辐射危害且假阳性率高，可能导致过度医疗；肿瘤标志物、痰液检查筛查早期肺癌灵敏度低，会导致广泛漏诊从而错过最佳治疗期；支气管镜活检是有创检查，患者依从性较低。
• 常规肺癌筛查方法对比

方法	性能		优势	劣势
	灵敏度	特异性
低剂量螺旋CT(LDCT)	93.85%-98.15%	73.4%-78.2%	简便、便宜	假阳性高 辐射暴露
低支气管镜活检	93%	95%	性能好	有创检查 操作复杂
痰脱落细胞学	20%-62.9%	94.1%-98%	特异性好、方便	灵敏度低
肿瘤标志物	26.5%-78.8%	90%-98.5%	方便、便宜	灵敏度低，尤其早期肺癌特异性低

肺癌甲基化早筛

• DNA甲基化能引起DNA稳定性、DNA构象、染色质结构及DNA与蛋白的相互作用方式的改变，从而调控基因表达。肿瘤组织中抑癌基因启动子区域往往表现为高甲基化，通过抑制或减弱抑癌基因功能促进肿瘤的发生发展。
• 甲基化异常作为病因学的改变，是癌症发生的早期事件。肿瘤细胞凋亡后释放DNA进入外周血中，即循环肿瘤DNA (ctDNA)，通过捕获这些微量的ctDNA，检测肺癌相关基因位点的甲基化改变，相较于传统检测技术，可更早、更精准地检测肺癌的发生发展信息。
• 肺癌基因甲基化检测作为CT、肿瘤标志物、痰液细胞学检测等肺癌筛查技术的有力补充手段，可大幅提高早期肺癌的检出率，助力肺结节的良恶性鉴别，使肺癌早筛更灵敏、更客观。

• 抑癌基因的甲基化过程

肺癌甲基化检测适用人群

• 年龄大于40岁且至少合并以下任意1条危险因素者
  ◉ 累计吸烟指数≥20包年
  ◉ 长期吸入二手烟10年以上
  ◉ 肺结节患者
  ◉ 合并慢阻肺、弥漫性肺纤维化或陈旧性肺结核者
  ◉ 一级亲属肺癌家族史或恶性肿瘤病史
  ◉ 环境或职业暴露史（石棉、铀等接触者）

中科茵康莱肺癌甲基化筛查项目

项目检测内容	检测内容	临床应用	样本要求	保存	运输
肺癌早期筛查（BALF）	SHOX2、RASSF1A等基因DNA甲基化，评估患癌风险	用于肺癌高危人群的良恶性鉴别诊断	肺泡灌洗液5-20 mL	2-8℃暂存	2-8℃48h
肺癌早期筛查（外周血）		用于肺癌早期筛查	外周血10 mL	常温	常温72h

送检流程

检测申请	➤	样本采集	➤	样本运送	➤	接收检测	➤	报告出具

• 参考文献
• [1]赫捷, 李霓, 陈万青, 等. 中国肺癌筛查与早诊早治指南(2021,北京) [J] . 中华肿瘤杂志, 2021, 43(3) : 243-268. DOI: 10.3760/cma.j.cn112152-20210119-00060.
  [2]中华医学会呼吸病学分会. 早期肺癌诊断中国专家共识（2023年版） [J] . 中华结核和呼吸杂志, 2023, 46(1) : 1-18. DOI: 10.3760/cma.j.cn112147-20220712-00592.
  [3]Xue R, Yang L, Yang M, Xue F, Li L, Liu M, Ren Y, Qi Y, Zhao J. Circulating cell-free DNA sequencing for early detection of lung cancer. Expert Rev Mol Diagn. 2023 Jul-Dec;23(7):589-606. doi: 10.1080/14737159.2023.2224504. Epub 2023 Jul 6. PMID: 37318381.
  [4]秦娜, 马红霞, 靳光付, 等. 肺癌流行病学研究年度进展2022 [J/OL] . 中华医学杂志, 2023,103：网络预发表. DOI: 10.3760/cma.j.cn112137-20221213-02640.